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玉米种子主要由种皮、胚乳和胚3部分组成。玉米是单子叶植物，其果皮与种皮紧密相连不易区分，习惯上均称之为种皮。种皮主要有纤维素构成，表面光滑，一般无色，包围整个种子，约占种子总重量的6%-8%。具有保护种子不受外力机械损伤和防止病虫害入侵的作用。
胚除具有胚根、胚芽、胚轴和子叶外，还具有胚根鞘和胚芽鞘。由受精卵发育形成。发育完全的胚由胚芽、胚轴、子叶和胚根组成。裸子植物的胚都是沿着种子的中央纵轴排列，不同种类种子的胚之间唯一不同的是子叶数目，变动在1-18个之间。但常见的子叶数目为两个，如苏铁、银杏、红豆杉、香榧、红杉、买麻藤和麻黄等。
被子植物胚的形状极为多样，椭圆形、长柱形或程度不同的弯曲形、马蹄形、螺旋形等等。尽管胚的形状如此不同，但它在种子中的位置总是固定的，一般胚根都朝向珠孔。
胚的子叶也多种多样，有细长的、扁平的，有的含大量储藏物质而肥厚呈肉质，如花生、菜豆，也有的成薄薄的片状，如蓖麻。有的子叶与真叶相似，具有锯齿状的边缘，也有的在种子内部呈多次折叠，如棉花，胚将来发育成新的植物体，胚芽发育成植物的茎和叶，胚根发育成植物的根，胚轴发育成连接植物的根和茎的部分，子叶为种子的发育提供营养。